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植物的生长依赖于土壤，土壤为植物的生产提供充足的支持，为植物提供水分、养分和必要的气体，使植物能够健康生长。近年来，随着人口的快速增长和生活质量的提高，产生了大量的固定废物。由于处理不当，许多有害物质随雨水进入土壤，随着农业水平的提高，大量的化肥和农药被应用到农业生产中。土壤污染导致土壤质量严重下降，从而影响土壤的正常性能，降低作物产量。
土壤被病原体感染后，可以传播各种疾病。这些病原体一般通过带有病原体的人的粪便或他们洗衣服的污水污染土壤。当植物种植在被污染的土壤中时，它们会感染各种疾病。有毒物质污染土壤后，间接影响人的健康，主要通过农作物、地表水和地下水。
土壤微生物种类繁多，包括细菌、真菌、放线菌、藻类和原生动物。数量也很大，一克土几亿到几百亿。大多数土壤微生物有利于作物的生长发育，对土壤的形成发育、物质循环和肥力演变有很大影响。
土壤微生物可以形成土壤结构。土壤不是土壤颗粒和化肥的简单组合。土壤微生物作为土壤的活性成分，可以通过自身生命过程中代谢活动中的氧气和二氧化碳的交换以及分泌的有机酸，帮助土壤颗粒形成大的团聚体结构，之后形成真的土壤。土壤微生物的区系组成、生物量和生命活动与土壤的形成和发展密切相关。
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